施琅次子施世纶乃清朝著名清官，小说《施公案》比之为宋朝包拯、明朝海瑞，此是后话。

    台湾既平，康熙陛前发生了新的激烈争论。

    部分大臣以台湾乃“海外丸泥，不足为中国加广”，主张“迁其人，弃其地”，将台湾居民迁回内陆，仅留澎湖作为东南屏障。

    原来力主平台的大学士李光地一改初衷，也反对戍守台湾。他的理由是，“重洋之险，守则必设重戍”，设重戍一则加重内地人民负担，弹丸之地，得不偿失；二则必“固业”守将之子孙，“一旦濒海有警，隐然有夜郎自大之势”，会出现新的分裂割据局面。他竟荒谬地认为，不如“乘国威远播，畀其地与‘红毛’（按：荷兰侵略者），而令世守输贡，似犹永逸长安之道”。

    天朝大国、老迈之龙的观点。

    施琅，以及大学士李蔚、王熙等则坚决反对放弃台湾。

    施琅上疏慷慨陈词：

    “台湾地方北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道迂回，乃江浙闽粤之左护”，“东南之保障”，且“野沃土膏，物为利溥”，“人居稠密，户口繁息，农工商贾，

    各遂其生”，“实肥沃之区，险阻之域”。一行徙弃，台湾居民势必“安土重迁，失业流离，殊费经营，实非长策”，而“中国东南形势，在海不在陆。陆之为患有形，海之薮奸莫测！台湾虽一岛，实腹地数省之遮罩。弃之，则不归番，不归贼，必归于荷兰。彼执其戈船火器，又据形胜膏沃为巢穴。这无异于借给寇贼武器，又资助强盗粮饷，请他们来侵犯我们！且澎湖不毛之地，不及台湾什一，无台湾，则澎湖亦不能守”。“盖筹天下之形势，必求万全，不要说台湾屯种可以少资军食，即使它是不毛荒壤，必借内地挽运，亦断断乎不可弃！”

    大学士李蔚、王熙等奏称：“台湾有地千里，人民十万，弃其地，恐为外国所据；迁其人，恐奸究生心，应如琅议。”

    这是注入了新鲜血液、进取腾飞的龙的观点。

    这种观点已不再把中国之大势等同于天下之大势，而是在敏锐地体察世界之大势，把中国之大势放在世界之大势之中思考。

    康熙带着凤的锐气（虽然他从龙的角度出发），因而较少天朝大国的陈腐，因而势必赞同后一种观点。

    他说：“台湾弃取，所关重大，弃而不守，尤为不可！”

    他转向李光地：“你恐台湾既拥重兵，尾大不掉，目下如何？”

    李光地上前奏道：“目下何妨？以皇上声威，几十年可保无虞。”

    康熙豪爽大笑，朗声道：“如此，且置郡县。若计到久远，十三省又能永保为我所有吗？”

    康熙二十三年四月十四日，康熙正式批准在台湾设置地方军政机构的疏请。自此，台湾设一府——台湾府、三县——凤山、诸罗、台湾（澎湖直辖于府）隶福建省，设总兵一员、副将二员，驻兵八千，分水陆八营（澎湖设副将一员，驻兵二千），营各设游击、守备、千总、把总等官。台湾军政机构与内地完全相同，连衙署建筑也改变了台湾坐东向西的习惯，而如内地“衙门口，朝南开”。

    同年十二月，郑克塽等奉旨到京，康熙说话算数，给予他们优厚待遇。郑克塽封一等公；其叔、弟分别授四品职、骁骑校等；刘国轩、冯锡范等授汉军伯，俱隶上三旗汉军，由户部“拨给房屋田地”。刘国轩“首先归命”，并劝郑氏“纳土归来”，受到康熙亲自召见和特别表彰，实授直隶天津总兵官。其他投诚武职一千六百余人，文职四百余人，兵丁四万余人，“有愿入伍及归农者听其自便”，均得到了妥善安置。同时归来的明朝宗室，也给予屯田牛种，安插定居。

    台湾回到了祖国的怀抱，人心凝聚到了康熙的龙庭。康熙精神振奋，展纸而书，墨翔鸾凤，笔走龙蛇：

    万里扶桑早挂弓，水犀军指岛门空。

    来庭岂为修文德？柔远初非黩武功。

    牙帐受降秋色外，羽林奏捷月明中。

    海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。

    “耕凿从今九壤同”，康熙此后像所有的开国之君一样，把主要精力放在了迅速恢复和发展社会经济之上。朝政，接受各少数民族王公贵族的朝觐。