两个多月的时间内，康熙谕令大将军费扬古，向各处颁示招抚噶尔丹等敕书和三百道蒙古文敕书。康熙对噶尔丹部来降之人做了妥善安置，一千五百余降人被编入上三旗佐领，头人授予官职；不愿来内地的，各给一匹马遣回，“令其往谕噶尔丹，若他来降，也一样待以显荣”。康熙对噶尔丹被俘之人也做了妥善安置，三千多在昭莫多之战中被俘为奴的噶尔丹部男女，皆被康熙赐银赎出，“令其父子夫妇兄弟完聚”，其中不少噶尔丹手下重臣得以同家属完聚，康熙并让他们带给噶尔丹敕文，文中有：

    今朕又亲率六军远莅于此，且各处调兵邀击。尔等妻子马畜诸物俱已散亡，衣食已尽，势迫无归。况时渐严寒，朕不忍尔属下厄鲁特妻子相失，穷困冻饿而死，特遣谕招抚。今重复降谕，尔等若悔前愆，俯首向化，朕一体加恩抚恤，俾各得其所，尔属下厄鲁特亦得妻子完聚……今若又不觉悟，听信匪言，则后悔莫追矣。尔其勿疑勿惧，特谕。

    在招抚过程中，康熙采取分化瓦解政策，对噶尔丹周围的人，反复说明：你们都不是“倡乱之人”，你们如果与噶尔丹“分析各居”，“率尔部落来降”，以前依附噶尔丹之咎，“朕概不介意，必待尔以富贵，尔之部落亦使各得生业，妻子完聚，从容度日”。在招抚过程中，康熙重新部署西北军力，调河西振武将军孙思克、西安将军博霁等，率兵驰援屯驻西宁的副都统阿南达，令阿南达与土尔扈特部、和硕特部、准噶尔部、哈密回部各台吉、头人以及逃于哈密附近的噶尔丹内弟噶尔多尔济等，四面设哨，组成了联合防线，从根本上遏阻了噶尔丹西窜的通道。十一月初七，阿南达得报，噶尔丹方面有信使等将往西北进行联络，远方烟尘一起，阿南达即挥师望尘逐敌，铁骑飞驰百余里，截俘噶尔丹信使和噶尔丹托达赖喇嘛照看其子塞卜腾巴尔珠尔的信件。根据信中线索，各部于哈密附近擒获了噶尔丹之子塞卜腾巴尔珠尔，显示了西北各部联合作战的力量。

    噶尔丹彻底孤立，康熙回銮。

    康熙三十六年二月，康熙三次亲征。

    在此之前，不少官员认为“小丑已极困穷，计日就戮”，“圣驾不必再临沙漠”。康熙则一再对诸臣强调亲征的重大意义：

    凡用兵之道，要在乘机。天与不取，后悔就来不及了。前三藩之乱，由于最初没有倾全力剿平，致使吴三桂煽惑人心，乱势滋蔓，朕日夜绸缪，调遣大兵，几费心力，方得扑灭。现噶尔丹穷迫已极，宜乘此际，速行剿灭，断不可缓。朕今亲临宁夏，相度机宜，调遣军士，贼闻之必魂魄俱散，其部署亦必张惶，而蒙古其他各部，闻朕亲临宁夏，各欲立功，扼噶尔丹而图之。彼不自尽亦必为人擒献，克成大业，正在此举。

    康熙率大军一路西行，他尽量将对地方、百姓的干扰降到最低限度。严饬地方官吏不得藉端科派，不得远来迎驾，所过城堡衢市禁止结彩，军队绕由边外行进等。谕令精简扈从人员，一切御用所需皆自内廷供办，不以烦民，市易之物悉依时价等。当宁夏总兵官王化行奏请皇上行围甘肃花马池，检阅军容时，康熙豪迈地说：“噶尔丹未灭，马匹关系紧要，宁夏兵来花马池，往来需七八日，马必疲乏。打猎事小，擒获噶尔丹事大。今罢猎休息马匹，以猎噶尔丹如何？你速传谕所有官兵勿来花马池，待朕至宁夏闲暇之日，阅尔军容。”

    其时，噶尔丹内部在康熙招抚政策的感召下，已开始分崩离析。噶尔丹重臣吴尔占札卜、丹济拉均十分动摇，倾心于朝廷。吴尔占札卜的母亲被清军所俘，又被康熙放回与其子相聚。她对噶尔丹都这样说：“中华皇帝国大兵多，繁荣强盛，况中华皇帝乃活佛也！遣使敌人母子团聚，你们从前也曾听说过这种事吗？现在不降，更待何时？”

    三月初三晚，瀚海大雾弥漫。噶尔丹部风声鹤唳，有人似乎听见了炮声——“清军来了！清军来了！”随之噶尔丹部炸营。浓雾之中，人马狂奔乱突，挤挨碰撞，乱成一团。噶尔丹重臣丹济拉、丹津阿拉布坦、丹津鄂木布等均离开了噶尔丹。噶尔丹只剩下不到三百人丁，少量驼马，绝无牛羊，全靠射猎杀马而食。他的老巢伊犁，早已被其表示归顺清朝的侄子策旺阿拉布坦所占，他“欲北赴鄂（俄）罗斯”，俄罗斯对他已失去兴趣，“拒不受”。他进退失据，“穷蹙已极”，成了流窜于阿尔泰山地区、塔米尔河流域的一股走投无路的残匪。

    康熙则成功地完成了对青海蒙古各部的招降工作。同时，一面布置两路大军进剿，一面移驾黄河西岸，亲视大军启行，并集军中骆驼，组织运输军粮，在各驿站贮粮备马，以为大军回师时的补给。之后，以“天下事大”，登舟回銮。

    康熙尚在回师途中，佳音已传。四月十五日，噶尔丹属下丹济拉来告，噶尔丹大漠途穷，已于闰三月十三日，饮药自尽（一云暴病而亡），他“携噶尔丹尸骸及噶尔丹之女钟齐海共率三百户来归”。寥戾的胡笳伴苍凉的歌声：

    雪花如血扑战袍，夺取黄河为马槽。

    灭我名王兮，虏我使歌。我欲走兮无骆驼。

    呜呼，黄河以北兮奈若何。呜呼，北斗以南兮奈若何。

    噶尔丹的民族分裂叛乱被彻底粉碎了。

    凶渠殄亡，边尘尽涤，遐荒番部，罔不归诚。

    “乱则声讨，治则抚绥”，这是龙之威仪，三次亲征，“并令归心”，这是凤之独行。而康熙对北部边疆民族有效的管辖与治理，更体现了唯有龙凤一体的他，才能实行的、高于历朝历代的“凤体龙心”原则。

    康熙说：“历观汉、唐、宋之往事，往往罢（疲）中国之力，而不能成廓清边塞之功。”“本朝不设边防，以蒙古部落为屏藩耳。”

    康熙在其祖皇太极统一漠南蒙古的基础上，统一了漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古的大部（仅准噶尔部策妄阿拉布坦尚与中央保持朝贡关系），将盟旗制度从漠南，推行到漠北、漠西。

    康熙三十年，乌兰布通大捷之后的第二年，康熙率八旗劲旅赴多伦诺尔草原，主持漠南漠北蒙古共同参加的、空前盛大隆重的会盟。这就是历史上著名的多伦会盟。