康熙首先调解、平息了喀尔喀蒙古两翼的矛盾纷争，维护了喀尔喀蒙古的团结统一，得到了喀尔喀各部的一致拥护。

    五月初二，会盟大典，康熙在行宫前黄幄殿受喀尔喀汗、台吉等三十五人朝见。三跪九叩礼毕，奏乐，大宴。土谢图汗、札萨克图汗、车臣汗、哲布尊丹巴呼图克图坐在御座近前，康熙随时赐酒，其他各部大台吉，康熙俱一一招至御座前亲行赐酒。翌日，康熙颁赏，再次赐宴，令“舒怀共语”。宴后，以札萨克图汗策旺札卜年幼，康熙亲切爱怜地将皇子的衣服、数珠赐给了他。全场呈现出一派以皇帝为中心、团结和谐、亲如一家的热烈气氛。接着，康熙宣布依喀尔喀各部所请，照内蒙之例，在喀尔喀蒙古实行盟旗制度，“编为旗队，给地安插”。分左、中、右三路，三十四旗。旗下设参领、佐领。保留喀尔喀三部汗号，取消额贵族原来“济农”、“诺颜”等名号，按满族贵族封号各赐予亲王、郡王、贝勒、贝子等爵。康熙严肃申明：

    自今以往，尔等体朕爱养之恩，各守法度，力行恭顺。如此，则尔等生计渐蕃，福及子孙，世世被泽；若违法妄行，则尔等生计既坏，且国法俱在，凡事必以所犯之法治罪。

    清廷正式将喀尔喀蒙古纳入了中央直接管辖的范围，结束了喀尔喀各部长期以来“并无法度，不能约束，以强凌弱，自相劫夺”的混乱局面，增强了蒙古各部的向心力。

    五月四日，举行盛大的阅兵和军事演习。据康熙身边法国传教士张诚统计，共有九千至一万名骑兵和一千二百名步兵、四至五百名炮手、七十门炮参加了阅兵和演习。

    灿烂阳光照耀下，侍卫们雄姿英发，簇拥身着甲胄的康熙大帝，乘马“遍阅队伍”。喀尔喀铁骑与八旗劲旅旗帜鲜明、器械森然、肃立受阅。之后，康熙亲射，十矢九中，欢呼雷动。

    康熙又率内外蒙诸王、台吉“大阅军容”。受阅部队“各依次列阵，鸣角，鸟枪齐发，众大呼前进，声动山谷”，人人振奋，激动不已。

    五月五日至七日，康熙巡视蒙古营寨、赈济贫穷、处斩叛臣，而后回銮。内外蒙古首领于道路左右跪送，“依恋不已，伏地流涕”，情景极其感人。

    康熙动容，对随行官员慨叹道：“昔秦兴土工修筑长城，我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固。”

    康熙返回京城两天，恰有古北口总兵官蔡元奏请修筑倾塌长城，康熙进一步阐述自己的观点：“蔡元所奏，未谙事宜。秦筑长城以来，瀚、唐、宋亦常修理，其时岂无近患？明末我太祖统大兵长驱直入，诸路瓦解，皆莫敢当。可见守国之道惟在修德安民。民心悦则邦本得，而边境自固，所谓众志成城者是也。如古北、喜峰口一带，朕皆巡阅，概多损坏，今欲修之，兴工劳役岂能无害百姓？且长城延袤数千里，养兵几何方能分守？蔡元见未及此，其言甚属无益。”

    他是以自己民族的经历体验，悟出了众志成城的道理，以“凤体龙心”的独创，建筑了无形的长城。

    康熙除了“齐其政不易其宜”，还采取封爵、年班（已出痘、不怕染病之首领，每年定期轮班进京觐见皇帝）、围班（未出痘、易染天花者，不宜进京，每年定期到木兰围场随同行围，到避暑山庄觐见皇帝）等措施，加强与蒙古贵族的关系；沿袭满蒙联姻的传统，将四个女儿、一个侄女、好几个孙女的宗室之女嫁给内蒙各部，又将第六女、第十女和女孙允祥之女嫁给喀尔喀蒙古，另命不少喀尔喀蒙古重臣尚郡主、县主，与皇室结亲，将其封为额驸之外，更重要的是“修其教不易其俗”，顺应并利用蒙古族原有的宗教信仰——喇嘛教信仰

    ，以之作为统治的工具。

    多伦会盟时，康熙特封哲布尊丹巴呼图克图为大喇嘛，建多伦汇宗寺使居之，令其掌管漠北黄教事务。哲布尊丹巴遂成为达赖、班禅之外的黄教第三大活佛。哲布尊丹巴与喀尔喀蒙古返回漠北后，康熙拨银十万两，为之建库伦庆宁寺，使该寺成为漠北黄教中心。康熙三十六年（1697年），康熙令章嘉呼图克图居多伦汇宗寺，后又建多伦善因寺使居之，继封他为“大国师”，令他掌管漠南及京师、盛京、热河、甘肃、五台山等地黄教事务。

    这样，直辖于清廷的达赖、班禅、哲布尊丹巴、章嘉四大活佛，分掌前藏、后藏、漠北、漠南教务，有效加强了清朝对边疆的统治。

    “齐其政不易其宜，修其教不易其俗”，亦即“凤体龙心”的边疆民族政策，贯穿康熙朝以至清朝的始终，同样适用于西藏地区。

    西藏一直处于喇嘛教黄教首领达赖、班禅、厄鲁特蒙古和硕特部汗王的联合统治之下。达赖、班禅是西藏最高教主，达赖与厄鲁特蒙古和硕特部汗王共同委任“第巴”官掌管西藏政务。康熙年间，达赖的势力有了较大发展，直接同清廷联系。康熙十八年，在和硕特部汗王缺席的情况下，任命桑结嘉措——传说是五世达赖的私生子——为“第巴”。康熙二十一年五世达赖逝世，第巴桑结为了与和硕特汗争夺对于西藏的统治权，密不发丧十五年，伪言达赖入室修炼，“凡事传达赖命行之”。同时暗中勾结噶尔丹，支援他侵犯喀尔喀蒙古。康熙对第巴桑结托言达赖之种种悖行虽早有怀疑，但当第巴桑结以达赖名义奏称：“吾国之事皆以第巴为主，乞皇上给印封之，以为光宠”时，仍从尊重达赖的立场出发，封第巴为土伯特国王，令其掌管黄教，“弘宣佛法”。康熙三十五年，康熙得知达赖以故的确切消息，严厉斥责第巴桑结欺君坏法的罪恶行径，在以大兵威慑的同时，仍行招抚。他认为：“达赖喇嘛，蒙古等尊之为佛。第巴者，即代达赖喇嘛理事之人。”如其认罪改过，即可“化导悖乱，使中外道法归一”。康熙宽宥了第巴桑结，青海蒙古各部解除了顾虑，纷纷率众来归，这成为清廷安定西藏的基础。

    康熙三十六年，西藏地区发生了真假达赖喇嘛之争。

    第巴桑结在公布五世达赖之丧的同时，宣布迎请自己择定的转世灵童仓央嘉措，于布达拉宫坐床，称六世达赖，康熙授予了印信封文。和硕特部汗王，以之为对自己的排挤，大怒。双方关系近一步恶化，终于酿成了战祸。第巴兵败被杀，和硕特拉藏汗疏报康熙皇帝事件始末，并奏仓央嘉措“行为不端”非真达赖，请求“废立”。康熙尊重西藏内部发生的变化，只要他们忠君护法。他册封了拉藏汗，赐金印，并令拘假达赖喇嘛赴京。因他深知：假达赖喇嘛，也有达赖喇嘛之名，众蒙古皆服之。若为准噶尔部策旺阿拉布坦所迎，则西域蒙古就都倒向策旺阿拉布坦了。仓央嘉措在解经青海途中死去，有说被杀，有说病死，又有说没死，是“弃舍名位，决然遁去”了。拉藏汗立自己的一个非婚生子伊喜嘉措，为六世达赖。西藏僧俗上层因不满和硕特蒙古统治西藏，坚不承认，又找了一个名为格桑嘉措的小孩，奉为原六世达赖仓央嘉措的转世灵童。同样不满拉藏汗的青海蒙古各部也承认格桑嘉措为真正达赖喇嘛。

    为了缓和青、藏争执，康熙命格桑嘉措暂往西宁塔尔寺，又以青海台吉与拉藏汗不睦，不便令拉藏汗独理西藏事务为由，派侍郎赫寿赴藏，“协同拉藏办理事务”，此清廷设置驻藏大臣之始。