1929年5月，刚从苏联归来的刘安恭出任红四军临时军委书记兼政治部主任，他对情况不熟悉，引起党与军队之间的关系紧张。6月8日，红四军前委召开扩大会议，决定取消临时军委。然而，在红四军内部，对于红军的领导方法和建军原则，产生了严重分歧。就连毛泽东和朱德，对一些问题的看法也不尽一致。当时争论焦点是究竟在红军中实行“由上而下的家长制”，还是“由下而上的民主制”。毛泽东的领导，被认为是“家长制”。6月下旬，红四军第七次党代会在福建龙岩召开，在重新选举前委书记时，毛泽东落选，争论的问题也没得到正确解决。于是，毛泽东离开红四军主要领导岗位，留在闽西养病并指导地方工作，不再随军行动。红四军面临着前所未有的严重危机。

    1929年8月下旬，根据中央要求红四军来一个得力的人出席各地军事联席会议并汇报工作的精神，陈毅奉命到上海。中央政治局专门开会听取陈毅的汇报，弄清楚了红四军面临的危机，决定组织以周恩来、李立三、陈毅三人组成的委员会，由周恩来召集，负责起草对红四军工作的指示文件，解决红四军因内部分歧而产生的危机。

    周恩来对红四军第七次代表大会和前委扩大会在处置红四军领导内部分歧问题时的缺点提出了四点批评：第一，红军是生长于敌人肉搏中的，他的精神主要的应是对付敌人，前委没有引导群众对外斗争，自己不提办法，而将问题交下级讨论，客观上有放任内部斗争、关门闹纠纷的精神；第二，没有从政治上指出正确路线，使同志们得到一个政治领导来判别谁是谁非，只是在组织上来回答一些个人问题；第三，这次扩大会议、代表大会的办法，是削弱了前委的权力，客观上助长了极端民主化的发展；第四，对朱、毛问题没有顾及他们在政治上责任的重要，公开摆到群众中，没有指导地任意批评，而一般同志的批评大半又是一些唯心的推测，这样不但不能解决纠纷，而且只有使纠纷加重。并且指出：朱、毛两人仍留前委工作，毛泽东应仍任前委书记，并须使红四军全体同志了解并接受。

    陈毅按周恩来多次谈话的精神，代中央起草了一封指示信（史称“九月来信”），经周恩来审定后，带回红四军。周恩来特地嘱咐：回去后，要请毛泽东复职，并召开一次党的会议，统一思想，分清是非，作出决议，维护毛泽东和朱德的领导。

    中央“九月来信”正确分析了当时的政治形势，明确规定了红军的任务，并着重提出了在红军中“纠正一切不正确的倾向”的任务，指出：红军的来源只有收纳广大的破产农民，他们中自然会有“极浓厚的非无产阶级意识表现”，“这些观念不肃清，于红军前途有极大危险。前委应坚决以斗争的态度来肃清之。”

    信中明确支持毛泽东的领导说：

    党的一切权力集中于前委指导机关，这是正确的，绝不能动摇。不能机械地引用“家长制”这个名词来削弱指导机关的权力，来作极端民主化的掩护。

    经过周恩来的正确处理，红四军摆脱了危机。1929年11月下旬，毛泽东重新回到红四军任前委书记，他报告中共中央说：

    四军党内的团结，在中央正确指导之下完全不成问题。

    根据“九月来信”的精神，红四军召开了著名的古田会议。古田会议不仅标志着红四军胜利地渡过危机，而且进一步解决了以农民为主要成分的军队如何建成无产阶级的新型人民军队这个至关重要的问题，从而在新的基础上大踏步地向前发展。