说实在的，当孙（中山）、黄（兴）等人发动二次革命反袁的时候，章太炎早就跟这些当年的同志分道扬镳了。在民国的最初岁月里，政党分分合合，章太炎虽然都是热心分子，但却一直站在先是同盟会，后为国民党的对立面。他厌恶孙中山，对黄兴不感兴趣，甚至跟原来光复会的同志也貌合神离，倒是对那个被造反的新军士兵从床底下拖出来的黎元洪，有着绝大的热情。所以，在袁世凯压迫国民党的时候，章太炎和他身属的共和党，如果不是帮凶的话，也是袖手旁观的。可是，当袁世凯如愿地当上了正式大总统，不再需要国会这个选举机器了之后，借追缴国民党议员的证书，实际上把个国会废了（够不成半数，无法开会），到这时，醉心于议会政治的梁启超和章太炎等人才如梦方醒，但是木已成舟，悔之莫及。

    不过，章太炎不是梁启超，不可能这么轻易地善罢甘休。他要“为中夏留一线光明”，“挽此危局”（章给弟子和夫人的信），于是新婚不久的他，毅然离开了自己的温柔乡，北上北京，找袁世凯算账来了（时为1913年12月）。于是出现了他的学生鲁迅描绘的一幕：以大勋章为扇坠，大闹总统府。虽然据章太炎当时的新婚夫人汤国梨女士后来说，章太炎并没有大勋章，上京也没有带勋章，但章太炎的闹，确实非同凡响。据当时的《申报》（1914年1月14日）记载，章太炎手持团扇一柄，下系勋章，足踏破官靴，大嚷着要见总统，承宣官（传达）挡驾，则“疯言疯语，大闹不休”。另据官方记载，章太炎则不仅骂了人，还砸了家具什物。

    结果不问可知，章太炎被警察带走，在内务总长朱启钤和有“屠夫”称号的京师宪兵头子陆建章的关照下，章太炎被以“疯病”为由，遭到软禁，开始了长达两年多的囚禁生活。

    当然，章太炎并没有疯，他虽然有“章疯子”之名，但谁都知道，那只是一个带有戏谑意味的外号，并不是说他真的精神有问题。章太炎此行，其实真的就是想见袁世凯谈个明白，所以，进总统府的时候，还先投了名片，请承宣官转达。虽然名片一尺五寸长，上书三个斗大的字“章炳麟”，但这是他的个人风格；至于足踏破靴之类，不过是章太炎不修边幅的名士派头，向来如此，更不足以说明他的“疯”。他之所以遭到囚禁，既由于他的身份——不仅跟国民党有老关系，而且属于共和党内的对袁不满的人士，还由于他这一闹——不仅不满，而且有了给政府找麻烦的行动。

    不过，章太炎之囚，以后来党人的待遇观之，还是相当优厚的。据刘成禺讲，袁世凯曾经对陆建章定了关于囚章的八条规则，规定起居饮食用款不限，而且毁物骂人，听其自便。东西毁掉了，再买就是。只是除了限制自由外，对见客、谈时局，都有限制，尤其不许有谈时局的文字。章夫人汤国梨也说，章太炎在被囚期间，每月的费用是500元（当时一个警察每月薪水4元左右，大学里最牛的教授，每月不过400元）。这一段，肯定是他一生中最阔气的时光。

    尽管待遇优厚，但囚禁毕竟是囚禁，这既是对章疯子闹事的一种惩罚，更是袁世凯对未来可能的“不安定因素”的一种防范。虽然很有违法嫌疑，但作为独裁者来说，倒也常见常用的。当然，章太炎不可能很痛快地就范，他必然也必须反抗，也就是说要接着闹事。作为一个文人，反抗的最佳方式当然是用笔，可是这种文字一个字都出不去，写了也白写。所以，闹，只好找别的办法。办法之一，是拿看押的警察开涮。章太炎是个穷书生，一辈子没钱，生活极其简朴，可是他在软禁期间，居然一口气雇了十几个厨子和仆人（他当然知道这些仆人都是警察改扮的）。而且，大摆其老爷的谱，强迫这些人称呼他为“大人”，他的客人来了，要称呼为老爷，见面要垂手低头，每逢初一十五还要向他磕头，犯了错，还要罚跪罚钱。为了将这种羞辱落实到位，他甚至强迫这些仆人（警察密探）照这些条件跟他具结，签字画押，害得我们的警察老爷，个个像是签了卖身契。

    涮警察密探，解气虽是解气，但毕竟伤不到袁世凯，甚至连陆建章、朱启钤也碰不着；被关着做大人老爷，虽然耳边听取奉承一片，时间长了，也一样气闷。所以，章太炎又开始绝食。不过，章太炎虽然又疯又倔，但此时的绝食，似乎却并非真的以死抗争。无非是借此闹出点动静，制造一些不利于袁世凯的舆论，让这个奸雄难堪。因此，章太炎的绝食，时断时续，一年多下来，也没有死掉，但却让袁世凯头痛不已，派了若干人马来劝，甚至派人打算强行将章夫人汤国梨接来（未果）。

    我们知道，章太炎之囚，一直到袁世凯称帝失败、自己翘了辫子才告结束。这期间，虽然袁世凯少了若干公开骂街的聒噪（一个梁启超已经够受用的了），但章太炎也因此而洗白了自己。民初上当的经历，不再有人提了，自家的形象，复归到昔日的光辉。他的学生在总结他的历史的时候，这段经历，已经带点传奇色彩了。