不料，朱允炆读到燕王上书后，一时颇为难过，“恐害骨肉之恩，有伤日月之明”云云，深中其仁柔之心。他正考虑如此削藩还是否要进行。另外，这时朝中对削藩也出现了反对的意见。比如礼部左侍郎兼翰林学士董伦就一再恳请“亲睦宗人”。于是朱允炆打算停止削藩。齐泰与黄子澄据理力争，反对停止削藩。但仍无结果。二人怏怏地离开皇宫，齐泰对黄子澄说：“今事势如此，安可不断。”他们都认为削藩的进程已经开始，如果现在停下来，结果就会是“当断不断，反受其乱”。他们甚至认为建文帝不过是“妇人之仁”。第二天他们又进宫劝说朱允炆。黄子澄说：“今所虑者，独燕王耳，宜因其称病袭之。”朱允炆仍在犹豫，他说：“朕即位未久，连削诸王，若又削燕，何以自解于天下？”黄子澄说：“先人者制人，毋为人制。”朱允炆又说：“燕王智勇善用兵，虽病，恐猝难图。”  齐泰曰：“今胡寇来放火，但以防边为名，发军往戍开平，护卫精锐悉调出塞，去其羽翼，无能为矣。不乘此时，恐后有噬脐之悔。”于是他们采取了逐渐削弱燕王势力的办法。早在去年十一月，他们就安排了工部侍郎张昺做北平布政使，谢贵、张信掌握北平都指挥使司，他们接受朝廷的秘密命令，监视燕王的行动 。这时，以北部边防不靖为名，派都督宋忠调缘边官军三万屯驻开平，就此将燕府的护卫军的精壮选调到宋忠麾下带出塞外，以斩断燕王的羽翼。同时召燕府护卫胡骑指挥关童等进京，以削弱燕王的力量。另外又调北平永清左、右卫官军分驻彰德、顺德，命都督徐凯赴临清练兵，耿■赴山海关练兵以钳制北平。

    这些军事部署都出于齐泰、黄子澄的谋划。它对于削弱燕王的力量，防止它的造反未尝不是有力的。

    军队已经部署到朱棣的家门口了，他是不会甘心束手就擒的，他之所以还迟迟没有反应，实在是担心在京师(今南京)的三个儿子会遭不测，这三个孩子是在朱元璋小祥时赴京吊唁的。当时有人劝朱棣不能让他们一起走，朱棣说，这样可使朝廷不怀疑我。但朱高炽他们走后，朱棣又十分懊悔，这时忧虑更甚了。他声称自己病得厉害，请求朝廷将他的儿子放回北平。这几个人本来可以用来做挟制燕王的手段，特别是已经在进行对付燕王军事行动准备的时候，更不应有所顾忌。因此齐泰主张不如就此将他们扣留，朱高炽等三兄弟都是魏国公徐辉祖的外甥。辉祖与燕王妃是同母兄妹。辉祖也觉察出高煦有异志，说：“三甥中独高煦勇悍无赖，非但不忠，且叛父，他日必为大患。”但辉祖的弟弟徐增寿和驸马王宁都庇护他。然而黄子澄也说：“不可，恐事觉，彼先发有名，且得为备，莫若遣归，使坦怀无疑也。”  他们想乘燕王不备，袭而取之！其实，这是故作聪明。军队已经逼到人家眼前，还说什么让彼不疑！燕王面对朝廷的举措早已在防备突然事件的发生了，而且，即使朝廷不动，燕王也是要起事的。他们刚将人放走，马上又后悔了，派人去追又没追上，也只好如此了。放还朱高炽等于解除了燕王的后顾之忧。朱棣大喜，说：“吾父子复得相聚，天赞我也。”事不宜迟，燕王决定起事。

    燕府的准备活动很快就被发现了，除张昺等时时在监视燕府外，燕府遣长史葛诚入京奏事，朱允炆也向他了解燕府的动静，葛诚都坦白地告诉了朱允炆。朱允炆仍将其遣还北平，以为内应。另外，魏国公徐辉祖与燕王妃是同母兄妹。他常常将燕府的内情向朝廷报告。六月乙酉，燕山护卫百户倪谅报告燕府官校于谅 周铎参与阴谋，朝廷将于谅、周铎逮捕，处以死刑，同时又下诏斥责燕王，派中官逮捕王府家属，密令谢贵、张昺对付朱棣，而以长史葛诚、指挥卢振为内应，另外派北平都指挥张信捉拿朱棣。朱棣这时真成了笼中鸟，唾手可得了。