在朱棣带兵南下，北方空虚之时，建文帝接纳了齐泰、黄子澄的建议，调都督杨文率领辽东兵十万前往济南，与铁铉合兵，以断绝燕军的后路。但这支军队行至直沽，便遇到了燕将宋贵等人的拦击而失败，竟无一人到达济南。这时已是五月初一日。

    在南方，朱棣的军队继续向南挺进，五月初七到达泗州。泗州在凤阳府地界内，在府正东偏北二百一十里。南滨淮河，有汴水自城北向南流入 。凤阳府是朱元璋的老家。朱棣一进泗州境，便百感交集。他从就藩离开南京，就一直没有再到凤阳来，他又想起了当年与众兄弟一道回老家祭祖坟的情景，父亲太祖高皇帝希望他们个个成材，以支持大明江山，没想到高皇帝一闭眼大家便兵戈相向，但此时燕军大兵压境，泗州竟是一片和平景象，毫无战争的准备。难道他们对不久前近在咫尺的灵壁发生的战斗一无所知吗？

    大军开到泗州城下，只见城门洞开，守城将领指挥周景初等早已率众等候在城外，原来他们是要献城而降的。周景初先命人通报了姓名，然后向朱棣施礼。朱棣说：“未攻城而先降，何也？”周景初说：“此处寺中有一僧伽神最为灵验，水旱疫疫必祷于神，有疑必卜问，吉凶悉响应。殿下兵未至，臣等斋诘祷于神，问：‘降与守孰吉？’是夜梦僧伽神告曰：‘兵临城，速降则吉，不降则凶。’是以即降。”朱棣说：“人心之灵，妙于万物，尔先觉，故神亦告。”朱棣大喜，下令为周景初等人升爵。周景初不战而降，并说托神的旨意，也许是一段附会的故事。有人怀疑周景初早已暗中通结燕军，上面一段话，不过是为了掩人耳目。看其投降后马上被升爵，便可知这种推断大致不错。

    在泗州使朱棣浮想联翩的，还因为这里是朱明皇室祖陵的所在地。祖陵在泗州■城之北，是朱元璋祖父朱公的墓。朱元璋出身贫寒，祖父之墓最初不过一抔黄土。朱元璋即皇帝位后，不仅加修了封土，而且设了祠祭署，有一名奉祀官专门管理祭祀，设了陵户二百九十三户。到洪武四年，又在此地建立了祖陵庙。庙中奉祀德祖、懿祖、熙祖的神位。洪武十九年，朱元璋命皇太子朱标前往泗州修缮祖陵，在祖陵郑重地埋葬了三祖帝、后的冠服 ，这祖陵尽管虚多实少，却极具象征意义。在宗法君主制社会中，对祖宗的崇拜是至为神圣的，更何况是皇帝的祖宗！

    朱棣带领部下拜谒祖陵，不禁涕泣沾襟。他说道：“横罹残祸，几不免矣。幸赖祖宗神灵庇佑，今日得拜陵下。霜露久违，益增感怆。尚祈终相庇祜，以清奸憝。”朱棣拜毕，在陵前伫立良久，又前后左右看了半天才离去。

    这时，一些住在祖陵周围的父老乡亲也络绎来到军门。这时朱棣的王号早被废除，论身份，不过是庶人，但他毕竟是龙种而且此时他带大兵压境，将来南京的宝座落在谁手还不一定呢。父老们前来见朱棣，真说不上是欢迎他或拥戴他，更确切地说，他们不过作为第三者，坐山观虎斗，最终乐见其成而已。朱棣很高兴地接见了各位乡亲父老，赐给他们牛酒及钞币，并加以慰问，然后命人送他们离开。

    淮河是进入京师(今南京)的第一道屏障。燕军兵临淮河，使京都朝野大为震动。大将盛庸带领马军、步军数万人、战船千艘，列于淮河之南岸。燕军列于北岸，与官军相对。

    当时渡过淮河向南京进军的路线有三条，一是走凤阳，二是走淮安，三是直趋扬州。朱棣召集诸将，商议行动方案。有人主张先取凤阳，切断官军援军之路，发大兵进攻滁州，夺取和州，集船渡江，再派一支军队，向西攻打庐州，夺取安庆，这样便可控制长江天险。另一些人说应先取淮安为根本，然后攻打高邮、通、泰，直抵仪真、扬州，这样可以放手渡江，无后顾之虞。

    但这两条路线都有困难，朝廷为堵截燕军南下，已在凤阳、淮安等地布置了重兵，当时担任凤阳守将的是都督同知孙岳，知府是徐安。孙岳为防备燕军，早就大修战守器械，甚至将朱元璋所修的寺庙拆毁，用其木材制造战舰，并加紧操练，使楼橹戈甲都合阵法 。知府徐安亦带人拆毁浮桥，断绝舟揖以遏止燕兵 。再看淮安方面，当时镇守淮安的是附马都尉梅殷，梅殷是朱元璋之女宁国公主的丈夫，于皇族是至亲，与朱棣称兄弟。梅殷以总兵官身份镇守淮安。梅殷悉心防御，号令严明。朱棣攻破何福后，便想从淮安南下。他派人送信给附马都尉梅殷，说是要到南京进香，请求梅殷借路。梅殷自然知道朱棣不过是找个借口，义正辞严地说：“进香，皇考有禁，不遵者为不孝。”朱棣得知梅殷此言，大怒，又一次写信给梅殷，说：“今兴兵除君侧之恶，天命有归，非人所能阻。”但梅殷绝不示弱，他命人将使者的耳鼻割掉，并对他说：“留汝口为殿下言君臣大义。”这是朱棣的一根最不能触动的神经。兴兵发难，本是乱臣贼子，有何君臣大义，燕王为之气沮 。

    这样，燕军南下，从泗州只有突破淮河直趋扬州一条路可取，朱棣说：“凤阳楼橹坚完，所守坚固，非攻不下，恐震惊皇陵。淮安高城深池，积粟既富，人马尚多，若攻之不下，旷日持久，力屈威挫，援兵四集，非我之利。”他提出乘胜鼓行，直驱扬州、仪真，因为这两城防守单弱容易攻取。而得到仪真、扬州之后“则淮安、凤阳人心自懈，我耀兵江上，聚舟渡江，夺取镇江，连攻常州，遂举苏松及江浙，西下太平，抚定池州、安庆”。到那时，“江上孤城，岂能独守”。朱棣为诸将描绘一幅顺利夺取南京的美妙图画。但实际上，选取从中路突破的方案也是客观形势决定的。

    方案既定，朱棣便摆出一副要渡河的架式。他命将士将船只靠在岸边，编造竹筏，扬旗鼓噪，虚张声势。与此同时，朱棣命丘福、朱能、狗儿等带数百人西行二十里，偷渡淮河。这里官军并无防备。燕军过河，从后面逼进军营，鸣炮发起进攻。这突降的燕军使官军一时摸不清头脑，一时营中大乱，指挥官盛庸无法控制局面。在混乱中，盛庸来不及上马，被部下架上了船，才得脱险。燕军偷袭成功，官军不战而溃。大批战船被燕军缴获，大队人马顺利渡过淮河，同日，燕军攻克了盱眙。

    五月十七日，朱棣派遣都指挥吴玉前往扬州招谕。官军在扬州设防严密，但扬州守将分战降两派。扬州卫指挥王礼便是主张举城投降的一个。监察御史王彬、镇守指挥崇刚坚决抗战，夜不解甲，婴城固守。他们发现了王礼的异常举动，便将他囚禁了起来，其党徒也都被关入了监狱。朱棣命人射箭送信绐城中，申明有能缚王御史降者，给予三品官。但王彬身边常有一力士相随，此人可力举千斤，人们惮于力士的勇武，无人敢靠近王彬。王礼的弟弟王宗为救其兄，便给力士的母亲送了大批礼物，通过她将力士骗出，乘王彬解甲而浴的时候，将其抓获。千户徐政、张胜等带领舍人吴麟等数十人将王礼从监狱放出，并抓获了指挥崇刚，开门迎降。崇刚、王彬不屈而死。可以看出，当时朱棣的势力早已暗中伸延到南方，王礼等的出降是早有预谋的。当时与朱棣暗中勾结的还不止王宗、徐政、张胜、吴麟这些，另外，扬州卫指挥佥事李政、扬州卫舍人柳琮、扬州卫副千户王仪等都是拱手而降的。

    五月十九日，朱棣带兵至天长，扬州卫的王礼等一行人便赶来军门求见了。燕军不费一刀一兵，扬州城便落入燕军手中。朱棣命王礼同都指挥吴庸等谕下高邮、通州、泰州，接着扬州府高邮等卫指挥王杰率众来降，通、泰相继归降，扬州府江都县知县张本也率众来降。二十日，燕军西上六和，打败驻守官军。至此，江南的门户已完全打开，燕军加紧整备舟师以待渡江。