朝廷还设立官学，以儒家的四书五经为教科书，“自京师至于偏州下邑，海陬徼塞，四方万里之外，莫不有学”。元朝的最高统治者还亲自带头学习经史，表示对于儒学的重视。并下令翻译儒家著作，还请名儒学大师讲授汉文经典，要求皇室成员、群臣百官都必须习读儒经。

    在朝廷中，统治者任用儒士，如耶律楚材、赵复、许衡、姚枢等一批汉族或少数民族中的儒林名士，都先后委以要职。在他们的宣传、影响之下，使儒家学说在元代得到广泛的传播。

    在程朱理学的地位被统治者得到确认的同时，儒学声势的显赫也存在着很多不和谐的韵律。因为，元朝统治集团的上层，来自不同的民族，他们在利用正统的儒家学说巩固统治的同时，也尊崇各族固有的宗教信仰。信仰的多元化，削弱了儒家思想在群众中的影响。事实上，元朝的最高统治者懂得不同的学说、教派，也知道其有着不同的效用。元仁宗常常说，“明心见性，佛教为深，修身治国、儒、道为切”，因而都予以宽容。

    至于儒学本身，也在各种思想的碰撞中，在崇尚功利的社会心态影响下，分化为不同的流派，甚至分裂出像邓牧那样把儒家大同理念与道家无为主张结合起来，敢于抨击皇帝专制和官吏贪暴的思想家。总之，“元有天下，其教化未必古若也”，程朱理学独尊的局面也发生了变化，演化出各种各样的复合体和交叉体，思想领域呈现出各种观点和流派争雄斗胜的特色。

    元朝廷对各门宗教采取兼收并蓄的态度，加以优待和提倡，唯独禁止白莲教和弥勒教，因为这两种宗教在民间秘密流传，已成为农民进行反抗斗争的工具。在这种政策之下，佛教、道教，基督教和伊斯兰教等都得到很大的发展。另外，景教和明教（摩尼教）等也都可以自由传播。

    元代最盛行的宗教是佛教，特别是从西藏传来的喇嘛教。喇嘛教是佛教传入西藏后形成的一个教派，最受到元朝统治者的尊重。吐蕃（今西藏）地区，在贵由为蒙古大汗时，已通过吐蕃的喇嘛教萨斯迦派首领萨斯迦班智达向蒙古纳降，接受蒙古对吐蕃的统治。

    后来蒙哥继任大汗，忽必烈奉命出征大理国，途中驻军于六盘山（在今甘肃固原县东南），吐蕃喇嘛教萨斯迦派法王八思巴（萨斯迦班智达之侄），又来这里会见忽必烈。今西藏日喀则德钦颇章宫，还保存着八思巴朝见忽必烈的壁画，形象地记录了这一历史事件。

    忽必烈即位后，乃封八思巴为国师，后来又加封他为帝师。元世祖忽必烈尊西藏大喇嘛八思巴为帝师，命他制定蒙古新字，下诏颁行天下，俗称八思巴字。此后，元朝皇帝和后妃们都以喇嘛为帝师，由其传授佛戒。帝师既是佛教的最高首领，统领全国佛教；又是西藏地区的最高政治首领，掌管西藏军民世俗事务，北京居庸关的云台寺和北京市区内的白塔寺都是元朝著名的佛教建筑。

    道教也是元朝十分推崇的一门宗教。因为它也是有着大汗钦点的历史。成吉思汗西征时，曾经召见全真教主丘处机，问以长生之术，呼之为“丘神仙”，封为国师，赐号“长春真人”，命其总领道教。丘处机随从到过中亚等地，其弟子李志常著有《长春真人西游记》，这是研究中西交通史的重要史料。另外，《雪山应聘图》绘的也是丘处机偕弟子尹志平等18人，受成吉思汗之召，前往西域，在雪山之下，阿姆河畔营帐里应聘的情景。

    道教在元代分为几派。江南有正一教，也称天师道。天师世居江西龙虎山（在今江西贵溪），这是传统的旧派。在北方有3个新兴的派别，即全真教（王喆所创）、大道教（刘德仁所创）、太一教（萧抱珍所创）。其中以全真教势力最盛，广泛流行于北方。忽必烈统一江南后，又宣召正一教天师至京城，命其世代管领江南道教。道教徒在元代被称为“先生”，一般是种田的不纳田税，做买卖的不纳商税。全真教在北京的总坛是位于京西的白云观。

    基督教自欧洲传入，在元代被称为也里可温（意思是信奉基督教的人）。大约在公元1293年间，意大利教士约翰·孟德高维奴来北京传教，任第一任天主教总主教。元代基督教在全国各地都有信徒，在沿海城市和内地都有教堂。

    伊斯兰教在元代也颇兴盛。信奉伊斯兰教的阿拉伯人、波斯人和突厥人大批来到中国，散处各地，被称为“回回”。他们的传教士称为答失蛮（波斯语音译，意为学者）。当时，也有一些汉人和蒙古人信奉伊斯兰教。