26岁时，他终于几经周折来到临近东阳县的八华山，结识了当时宋代理学大师朱熹的四代弟子许谦，拜在其门下学习程朱理学，日后师生间结下了深厚的友谊。虽然朱震亨在学术思想上有很高的造诣，但他后来却在医学领域实现了自己的价值。

    朱震亨研习朱熹的学术思想，对于其后在医学的建树有着重要的影响。如朱熹关于精神与物质相互依存的观点、强调清心寡欲以养身的观点都被朱震亨运用到医学之中，形成了新的医学理论。

    那么朱震亨为什么要从儒转医，有哪些因素促使他转变的呢？首先是他素怀惠民之心，“吾既穷而在下，泽不能致运。其可远者，非医将安务乎？”另一方面，在他30多岁时，母亲得了重病，请了许多大夫都束手无策。于是开始有了自己从医的想法。他找来古代经典医籍仔细读了起来，这样坚持了三年，收获甚多。又过了两年，竟然自己处方抓药，治愈了老母的旧疾。

    又因其师许谦本不以名利为务，教授学生“随其材分”而定，“咸有所得”。又说：“吾卧病久，非精于医者不能以起之。子聪明异常人，其肯游艺于医乎？”此言正中朱震亨下怀，于是他烧掉了以往所学的儒学之书，一心致力于医。

    虽然朱震亨自学已有些成就，但始终未遇到理想的老师。直到后来经人介绍认识了罗知悌，罗知悌人称太无先生。他是金朝河间学派创始人刘完素弟子荆山浮屠的门徒，并旁通李东垣、张子和之学说，在医学上有很深的造诣。朱震亨得之后说，不胜欣喜，立即到罗知悌的家，拜他为师，两人一见如故。

    罗知悌先生时已年过古稀，卧于床上，并不亲自诊视，只是让弟子察脉观色，但听回禀便处方下药。随其学习一年之余后，朱震亨医技大进，尽得诸家学说之妙旨。回到家乡，乡间诸医“始皆大惊”，不知他在外边学了多大本事，但看其处方用药，又嘲笑不已，以为不伦不类。但朱震亨正是用这种被众医斥之为离经叛道的方法治愈了许谦的痼疾。四方求治者、求学者盈门不绝。朱震亨总是有求必应，不避风雨，深得人们的爱戴。

    朱震亨能跻身于元代四大名医之列，除了他能继承前人的理论和经验，具有高超的医术外，更重要的是他能在医学理论上推陈出新，提出了许多新的学术见解，从而丰富和发展了传统的医学理论，对后世的医学发展作出了重大的贡献。其《格致余论》一书，充分反映了他关于人身“相火”和“气常有余，血气不足”的学术思想。

    朱震亨在强调阴血的重要作用和保养阴血方面作出了开创性的贡献，因而被后世称为“养阴学派”的开山鼻祖。这一学术思想不仅丰富和发展了传统的理论和治法，而且他所强调的养阴和泻火二法，对于热性病的治疗尤其有重要的指导价值。在这一方面，他对明清时代温病学派的崛起与养阴法的进一步完善，发挥了巨大的作用。

    他在总结自己丰富临床经验的基础上，创造性地提出了以气、血、湿、热、痰、食郁滞致病称为“六郁”，成为中医学辨证体系中的一个重要部分，对于后世内科学有非常重要的影响。

    他不仅精通医道，也爱好文学。剧作家汤显祖与其交情甚笃。一日，汤显祖登门造访，恰逢朱午间小憩。他发现朱震亨书案上有篇文章：“牡丹亭边，常山红娘子，貌若天仙。巧遇推车郎，于芍药亭畔，牡丹花下，一见钟情。托金银花牵线，白头翁为媒，路路通顺。择八月兰开成婚，设芙蓉帐结并蒂莲，合欢久之，成大腹皮矣。生大力子，有远志，操大戟平木贼，诛草寇，破刘寄奴，有十大功劳。当归期，封大将军之职。”

    这是朱震亨巧集药名成文的戏作。而汤显祖读后，大受启发，回家巧妙构思，写就了不朽之作《牡丹亭》，动人的情节，生动的人物形象，逼真的心理刻画，优美的词曲，不仅轰动当朝，还流传后世，受到人们喜爱。

    朱震亨晚年整理自己的行医经验与心得，写成许多著作。临终前没有其他嘱咐，只将随他学医的侄儿叫到面前诲之曰：“医学亦难矣，汝谨识之。”说完便端坐而逝了。