随着家庭生活安定下来，萨达姆开始把注意力转向政治。自然而然地，他渐渐向以贝克尔为首的小集团靠拢，因为这位军官也来自于自己的家乡提克里特。萨达姆成了这位副总统派系中的一员，所做的工作与国民警卫队的野蛮屠杀行动有关。但他是否直接参与并实施了这些暴行至今仍然还是一个人们争论不休的问题。一些人称萨达姆负责监督这些行动的实施，而其他一些人认为他亲自折磨并杀死过人。25

    然而，共产党并不是唯一一个受到新政权打压的团体，库尔德人很快也遭到迫害。一位军方官员发表了一个讲话：“如果哪个村庄或者其附近任何地方出现袭击军队、警察、国民警卫队或者忠于政府的部落的事件，我们就会对这个村庄进行轰炸并摧毁它。”26许多库尔德人村庄被夷为平地，成千上万的平民失去生命。阿里夫在伊拉克历史上被称为“这个国家现代历史上最坚定的反库尔德领导人”，他赞成对库尔德人居住的地区使用凝固汽油弹和化学武器。27

    就在新政府残酷压迫反对者的时候，党派斗争开始威胁着政府内部的团结。在入主伊拉克历史上第一个复兴党政府9个月后，阿里夫开始动作，稳固自己的个人权力。贝克尔被软禁在家，当局还批准对萨达姆实施逮捕。萨达姆转入了地下活动。1964年4月，他秘密参加了复兴党在叙利亚的一个会议，阿弗拉克任命他为复兴党在伊拉克的“地区指挥部”负责人。返回巴格达后，萨达姆继续秘密从事政治活动。他与阿卜杜勒•卡里姆•舍克利一起，制定了一个暗杀阿里夫的计划，准备使用简易炸弹袭击总统住所。然而这个计划暴露了，萨达姆躲了起来。伊拉克当局渐渐对暗杀策划者缩紧包围，先后逮捕了舍克利和其他一些与萨达姆关系密切的人。在警方的审讯下，其中一人泄露了萨达姆的藏身之所。警察包围了那栋房子。萨达姆曾经想过拒捕，甚至还用他的手枪开了几枪。然而，在意识到自己势单力孤后，他放弃了抵抗。警察带他上车之前，他整理了一下自己的衣服，把一盒纸烟抓在手里。